20.12.2013 tarihinde kütüphanemize Utrecht Üniversitesi Doktora Öğrencisi Hüseyin ŞEN ABD’deki Pennsylvania Üniversitesi Yazma ve Nadir Eser Kütüphanesi Lawrence J. Schoenberg koleksiyonunda yer alan 406 ve 440 numaralı iki yazmanın Konya Yusuf Ağa Yazma Eser Kütüphanesinden çalınan iki eserin bilgileriyle büyük oranda uygunluk gösterdiğini bildiren bir elektronik posta gelmiştir. Bunun üzerine yapılan araştırma ve incelemede, söz konusu eserlerin Yusuf Ağa Yazma Eser Kütüphanesinde 2000 yılında ortaya çıkarılan hırsızlık olayı dahilinde çalınan 103 adet el yazması ve 7 adet Arap harfli matbu eserden ; 5544 demirbaş numaralı el–İşaret Ve’t–Tenbihat Fi’l-Mantık ve 5545 demirbaş numaralı Miftahu’l–Ulum adlı el yazması eserler olduğu tespit edilmiş ve eserlerin ait olduğu yere getirilmesi için girişimler başlatılmıştır. Bu çerçevede son olarak Konya Yazma Eserler Bölge Müdürü Bekir ŞAHİN, beraberinde Yazma Eserler Kurumu Başkanlığı Uzman Yardımcısı Mehmet ARIKAN ve Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü Uzmanı Ayşe Belkıs ÖZTÜRK 08.01.2015-10.01.2015 tarihleri arasında Amerika’da eserleri yerinde inceleyerek rapor hazırlamışlardır.
Yaklaşık bir buçuk yıl süren girişimler neticesinde söz konusu kitaplar 15.06.2015 tarihi itibariyle New York Türk Konsolosluğu’na teslim edilmiş , 22.06.2015 itibariyle de Türkiye’ye getirilmiştir. Eserler 25.06.2015 tarihinde Ankara Etnoğrafya Müzesinden teslim alınarak Konya'ya nakledilmiş ve 26.06.2015 tarihinde de ait olduğu Yusufağa Yazma Eser Kütüphanesindeki yerine konulmuştur.
Başbakan Ahmet Davutoğlu Konya programına dâhil ettiği Yusuf Ağa Kütüphanesinde bu iki eseri inceledi. Başbakan Ahmet Davutoğlu’nun eşi Sare Davutoğlu ve Kütüphane yetkililerine eposta yoluyla bildirilmesinin ardından yapılan çalışmalar meyve verdi. AK Parti Konya Milletvekili Mustafa Baloğlu, bilgi kendilerine ulaştıktan hemen sonra ilgilileri harekete geçirdiklerini belirterek, “Yapılan araştırma ve incelemede, söz konusu eserlerin Yusuf Ağa Yazma Eser Kütüphanesi’nde 2000 yılında ortaya çıkarılan hırsızlık olayı dahilinde çalınan 5544 demirbaş numaralı el–İşaret Ve’t–Tenbihat Fi’l-Mantık ve 5545 demirbaş numaralı Miftahu’l–Ulum adlı el yazması eserler olduğu tespit edilmiş ve eserlerin ait olduğu yere getirilmesi için girişimler başlatılmıştır. Bu çerçevede son olarak Konya Yazma Eserler Bölge Müdürü Bekir Şahin, beraberinde Yazma Eserler Kurumu Başkanlığı Uzman Yardımcısı Mehmet Arıkan ve Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü Uzmanı Ayşe Belkıs Öztürk Amerika’da eserleri yerinde inceleyerek rapor hazırlamışlardır” dedi.
